海外へ１年以上の在籍出向をしている者（以下、「海外赴任者」とします）には、一般的に日本親会社から「日本払給与」と現地法人から「現地払給与」が併給されています。海外赴任者は所得税法上、非居住者として日本の国内で発生した所得（以下「国内源泉所得」とします）のみの課税を受けます。従って、国外勤務の対価としての給与は「日本払給与」であれ、「現地払給与」であれ、日本の国外所得となることから、所得税の課税対象となりません。
一方、海外赴任者が日本親会社等への出張のため、日本に帰国し勤務を行う場合があります。そのような場合、海外赴任者の日本出張期間中の勤務に対応する給与は国内源泉所得に該当することから、所得税の課税対象になることに注意が必要です。
具体的には、海外赴任者の日本出張期間中の勤務に対応する給与は、その用務が日本親会社の用務か出向先の現地法人の用務かの区別に関係なく、国内源泉所得とされることから所得税の課税所得となります(※)。その場合「日本払給与」の日本出張期間に対応する国内源泉所得部分については20％（復興特別所得税を含んだ合計税率20.42％）の源泉徴収義務が「日本払給与」の支払者である日本親会社に存在することになります。
(※)この場合「現地払給与」の国内勤務に対応する部分も同様に所得税の課税対象となりますが、出向先国と日本との間に租税条約が締結されており、条約に規定される短期滞在者免税の要件を満たす場合の「現地払給与」は免税となります。租税条約が締結されていない場合、もしくは締結されていても短期滞在者免税の要件を満たさない場合の「現地払給与」は免税とならず、海外赴任者の所得税の確定申告が必要となります。
