一般的に、日本国内で生じる非居住者の所得に対する所得税の課税関係は源泉徴収により完結します。しかし、例外的に日本国内の事業から生じる所得や日本国内の資産の譲渡、不動産の貸付から生じる所得が存在する場合には、確定申告を行う必要が生じることがあります。したがって、海外の子会社等に1年以上の予定にて海外赴任するサラリーマン等、所得税法上非居住者とされる者が日本国内の不動産の貸付を行っているなどの場合には、確定申告を行う必要が生じるときがあります。その場合、どのように申告を行うのか、所得税の計算に際して控除できる所得控除の範囲はどこまでなのかといった事について迷う場合も少なくありません。
非居住者の確定申告は2月16日から3月15日の間に納税管理人を通じて行います。納税管理人とは非居住者に代わって確定申告書の提出や税金の納付等を行う者のことを指し、具体的には、非居住者の納税地を管轄する税務署に「所得税の納税管理人の届出書」を提出することにより選任をします（選任は義務とされますが、選任しないことをもって罰則を受けるという事はありません）。納税管理人は日本に住んでいる人であれば誰でもなることができ、法人でも構いません。
また、非居住者が確定申告をする場合に適用することができる所得控除の範囲は、雑損控除（国内にある資産について生じた損失のみが対象とされます）、寄付金控除、基礎控除の三つに限定されることになります（所得税法第165条）。したがって、居住者の確定申告に適用される社会保険や生命保険、地震保険等の保険料控除及び扶養控除、配偶者控除といった人的控除並びに医療費控除などの所得控除の適用ができないことに注意が必要です。
